Enjeux Environnementaux et scientifiques

Le lagon très eutrophisé est en train de mourir. Certains biologistes marins estiment ce cas de lagon fermé unique et à conserver comme tel pour l'avancement des connaissances. Certes, mais d'autres se posent la question s'il n'est pas tout aussi intéressant de rouvrir les anciennes passes naturelles et d'étudier un lagon qui retourne à la vie et s'enrichit d'espèces.
Réhabilitation et gestion conservatoire des écosystèmes terrestre, lagonaire et récifal bien dégradés
Site d'intérêt exceptionnel par sa position pour l'étude des relations océan-atmosphère, du phénomène ENSO ou El Nino, pour les études de la répartition et l'évolution des espèces marines, récifales et terrestres

Enjeux Economiques

Défense, gestion et exploitation des ressources marines de la ZEE notamment en thonidés, aujourd'hui, et en nodules polymétalliques, à long terme.
Convaincre les armateurs français de l'intérêt de la zone de pêche de Clipperton et mettre à leur disposition des zones de mouillages voire un havre sûrs.
Valorisation de cette terre en tant que havre hauturier, site de tourisme d'aventure, de pêche au gros (déjà organisé par des agences étatsuniennes).

Enjeux Géopolitiques et géostratégiques

2006 : année, en principe, limite (mais delais extensibles) pour une demande d'extension au-delà des 200 milles nautiques de la ZEE, et jusqu'à 360 milles, de la souveraineté française sur les fonds océaniques (dans la mesure où l'état côtier, la France ici, peut prouver la continuité géologique et/ou topographique du relief sous-marin, habituellement, le plateau continental) (voir Article 4 de l'Annexe II de la Convention internationale sur les droits de la mer, CNUDM).
Réponse à apporter aux demandes officielles d'installation permanente sur lîle, certaines fantaisistes ou irréalisables dans l'état actuel de l'atoll, d'autres plus sérieuses et d'autres encore sous-tendues par des raisons mercantiles et/ou médiatiques
La revendication mexicaine et la demande de rétrocession de lîle au Mexique n'est pas à prendre à la légère, d'autant que certaines informations font état d'une pression de Washington sur le Mexique pour revendiquer Clipperton
Potentiel de base de surveillance des routes maritimes et aériennes, des trafics maritimes de marchandises licites et illicites, et station de suivi des vols spatiaux dont ceux de la fusée Ariane V dont la capsule ARD est par ailleurs récupérée entre les Marquises et... Clipperton.