Après le conflit avec le Mexique et la nouvelle prise de possession par la "Jeanne d'Arc" le 26 janvier 1935, l'île Clipperton fut rattachée au gouvernement des "Etablissements français d'Océanie" le 12 juin 1936.
Délaissée pendant plus d'un siècle par la France (10 visites de la Marine nationale entre 1858 et 1958), l'île reçoit à partir de 1945, des visites françaises plus fréquentes, tout d'abord de bâtiments de guerre, puis à partir de 1966, des missions scientifiques et/ou militaires associées. Les périodes de séjour ou d'occupation françaises les plus longues furent celles des Missions Bougainville.
Les Missions Bougainville des années 1966 à 1969 ont été les périodes d'occupation les plus longues de Clipperton par la France.
Les visites de la Marine nationale française depuis 1990 : 
| 1991 : Estafette, Bâtiment (hydro) 1992 : Commandant Birot (aviso) 1995 : Vendémiaire (frégate) 1997 nov : Prairial (frégate) 2001 fév : Latouche Tréville (frégate ASM) et Cdt Bouan (aviso) + Mission PASSION 2001 2002 mai : Arago (hydro) 2003 mai : Prairial (frégate) 2005 mars : Prairial (frégate) |
2006 nov : Prairial (frégate) |
Les autres missions militaires
Relevant plutôt de l'histoire, on ne peut toutefois ignorer, en termes de visites et d'occupations militaires, celles des autres Etats, toutes réalisées sur décision unilatérale; celles des Etats-Unis d'Amérique et du Mexique notamment.