Une biodiversité très réduite

La flore terrestre de Clipperton semble se limiter aujourd'hui à une dizaine d'espèces, dont les cocotiers en touffes ou isolés que l'on trouve exclusivement sur la couronne, et la végétation herbacée que l'on ne trouve plus que sur six petits îlots. On peut encore toutefois observé saisonnièrement pendant quelques jours des taches éparses de liserons relictuels près du Bois de Bougainville.

On y recense des :

Cocotiers (Coco nucifera), espèce dominante avec 674 stipes (cocotiers) supérieurs à 1m de haut

Les juvéniles inférieurs à 1m, dont la survie reste subordonnée à l'activité des crabes et dont un chiffre précis serait sans grande signification, n'ont pas été recensés en détail, mais sont entre 2000 et 3000 individus;
On a recensé 479 cocotiers, toutes tailles confondues, dans le Bois de Bougainville, soit 200 en dehors en bosquets ou stipes isolés.

(Extrait du rapport scientifique de la mission "Passion 2001").

Convolvulaceae

Ipomea pes caprae décrit par le passé, mais non retrouvé en 2001, mais, à la place,
Ipomea littoralis trouvé en 2001 sur les Îles aux Oeufs (identification IRD Nouméa sur échantillons rapportés)

Cyperaceae

Scrophulariaceae

Une évolution régressive depuis 50 ans qui tend vers la désertification. Mais en 2005 et 2008, les missions sur place ont constaté une réduction de la population de crabes et une réapparition de plaques de végétation herbacée. La présence de rats semble être un élément d'explication de la réduction de la population de crabes (qui a aussi pu atteindre le sommet de sa courbe démographique).